research

お茶大から東工大に3年間レンタル移籍します

エープリルフールネタではないので,少しフライングで公開します.3月31日で丸5年間お世話になったお茶の水女子大学を退職し,4月1日より東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻の准教授として赴任する事になりました.ただし,通常の異動ではな…

次世代シークエンサ(NGS)解析で使われるソフトの簡単なまとめ

2010/5/25.EST assemblerのViewerに関して追記 2010/6/9. ちょいちょい追記しています. 2010/7/26. ちょいちょい編集しました. 少し調べたのでまとめを晒してみる.比較的よく使われて沿うなソフトをまとめてみました.既に解析をガシガシやられている先…

研究室配属診断の反省

研究室配属後のテーマ選びは基本的に学生の興味を最優先していますが, そのテーマに潜む問題と,学生のスキルや本当の興味に不一致が毎年生じるので, 診断テストを用意してみました.その反省,という名の自分メモ. 今年の問題 文字列操作と数え上げ,散…

OMIMのエントリを自動翻訳するスクリプト

遺伝病辞典のOMIMは私の様なnon-native かつ門外漢な人には、ひじょーに理解じにくい。でも、大量にざーっとチェックしたいな−と思うときがあるので、日本語になっていると便利かも?というわけで、OMIMをひたすら機械翻訳するスクリプト作りました。 このエ…

BioGPS(SymAtlas)組織名の日本語版を作ってみました

Wikipediaの遺伝子発現量表示(e.g. http://en.wikipedia.org/wiki/P53 )にも使われているBioGPS ( http://biogps.gnf.org/ )の組織名を日本語にしてみました(Humanのみ)。門外漢なので、突っ込み歓迎です! あと、勝手に組織の系統を付けてみました。翻訳に…

遺伝子のプロモータ配列を簡単に得るスクリプト

遺伝子のプロモータを得るだけのために、各種ゲノム配列を準備するのは面倒。NCBI のE-Utils利用すると、ゲノム配列の準備とかしなくても、プロモータ配列が得られます*1。準備するもの ruby rubygems xmlsimple ネットワーク環境 プロモータを得たい遺伝子…

サーバ管理を理解するための10の心得

「サーバ管理、お願い」「なにすればいいんですか?」 という質問に対しての答え文章です。具体的な作業は、その場その場で異なりますし、ネットに情報が繁茂しているので、ここでは心得的なものを示します。1. 管理する状況を作ろう なんといっても、管理す…

CytoscapeのPluginをEclipseで開発する

やり方は、http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/SettingUpEclipseForPluginDevelopment に掲載されているのですが、少し古いのでアップデートを含めて記載。 1. Eclipseを立ち上げてメニューから、File > New > Java Project 2. 普通にJavaのプロジェ…

Sun Grid Engine を使ってみた

某所で使えたので、手を染めてみました。まず、実行するプログラムの用意。最近のコンピュータは速いので、ちょっとした計算は直ぐに実行が終わってしまっておもしろくない。以下の様な(超無駄な)乱数を持った行列生成スクリプト make_rand_matrix.rb を用…

論文での情報収集

毎年、年度頭の挨拶でも書いた方が良いかとおもうのですが、形式張ったのもどうかとおもうし、研究室に新入生も入って慣れてくるころなので、何か自分のスキルから学生に役立ちそうなものを書いてみることにしています(昨年と今年)。 自分で公開するのも恥…

APBC 2009

The seventh asia pacific bioinformatics conference (APBC 2009)に来てます。 氷点下の北京は寒い。 Olga Troyanskaya の Tutorial ひたすら、P2PやTAPなどの実験方法を列挙 ひたすら、Bayesian NetworkやSVMなどをoverview 細かい話には一切入らない Davi…

バイオ系雑誌に載った機械学習/計算機科学の解説記事

主に計算機科学の機械学習・データマイニング系の説明で、バイオの雑誌に載った解説記事です。ツールを使いこなす人が、中身を知りたかったり、作る人に変身したい場合や、情報科学(機械学習、データマイニング系)の人が、ゲノム解析などでどうやって利用さ…

IEEE BIBE 2008

参加中。もうすぐ終了。以下、今年だけの傾向かもしれないので、話半分程度のメモ。 バイオインフォマティクスというより、もっと工学分野も含めた感じ 配列、発現量等のゲノム系の話題から、MEGなど脳科学系の話題まで広く浅い もともと、医療工学系が母体…

「Googleを支える技術」の感想

読みました。日本語で、Googleを支える技術(特に分散処理)の部分をここまで丁寧に書かれた本は無いので、分散処理、ペタバイト級の大規模データ処理などに興味がある人、今の(というか、おそらく少し前の)googleに興味ある人は必読。いわゆるハイパフォ…

アット・ザ・ヘルム

企業就職だけでなく,アカデミアの就職も活性化する,この時期. 1年半前にも紹介した本(http://d.hatena.ne.jp/sesejun/20060406/p2)だけど,今見ても,アカデミアで職を得るのに参考になる本だと思うし,今の自分にとっても,2年前に読んだときと違う視点…

Rの良いとこ,悪いとこ

最近,bioinformatics系の解析ではR(http://www.r-project.org)が使われることが多くなっています.書籍も充実してきています(正直,帯に短しタスキに長しな感じの書籍が多い気もするが,成熟の過程では仕方がないだろう).でも,私はRが好きになれなくて…

PubMed でシンプソン係数

PubMed(生命科学系の論文検索サイト:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez)の論文を使って,生命現象(or 遺伝子)の関係(共起)を調べよう!ってことでシンプソン係数の計算を題材にしてみました.シンプソン係数が大きいほど,入力した2遺伝子(2単…

データベースミシュラン?ザガットサーベイ?

DB IssueやWeb Server Issue にDBが出るが,何が良いのかよくわからないなー,と思うことがある. 料理店の様に,データベースのミシュランとか,ザガットサーベイとかあれば,いいのだろうか?

会議

会議というか,雑談会?楽しかったが,危険なものに首をつっこんだ?か?

当選

Nature Biotechnology の無料定期購読(1年分)があたったらしい.わーい.4万2千円相当なりー.

ちょっと,ほっと

長い目で見れば,大した出来事ではないかもしれないが,ちょっとほっとした.一歩一歩進む.

MIRA: 454シークエンサ用のアセンブラ

http://chevreux.org/projects_mira.html The 2.9.8 version is the first publicly released version of MIRA for 454 and/or 454 and Sanger hybrid assembly. At the time of this writing, MIRA (2.9.x branch) is the only publicly available assemble…

DBCLSに続々と

数名異動(転職?).統合データベースセンター(http://www.dbcls.rois.ac.jp/)が日本の生命科学全般を世界でよりcompetitiveになるよう,引き上げてくれることを願って.自分も少なからず関係するので,十分な寄与ができ,成果が挙げられますように. この…

理研ゲノム科学総合研究センター、今年度で廃止へ、

まぢですか!? http://biotech.nikkeibp.co.jp/bionewsn/detail.jsp?id=20045087&newsid=SPC2007062647481&pg_nm=1&sai1=0&new1=1&news1=1&icate=0&yunw=1 理研ゲノム科学総合研究センター、今年度で廃止へ、 年度末に全員一旦解雇か? 某プロジェクトは,4…

Bioinformatics求職マップ

Bio-software より.Google Map上に,Bioinformaticsで求職している場所が現れます. http://www.bioinformatics.fr/jobs.php?mapview

論文を読む日

午前中会議の後は,ひさびさに,論文をさがし,じっくり読む日でした.また,色々な人の近況を見つつ,自分の研究スタイルを考えたり,迷ったり,考えたり.

所属の多い論文

Genome-wide association study identifies novel breast cancer susceptibility loci http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/abs/nature05887.html 共著者の数だけではなく,共著者の所属の数が多い!147箇所!?

競争的研究,網羅的研究

ここ数日,現状の仕事(かならずしも研究だけではない)の状況と照らし合わせて,いろいろ考えさせられる文章に出会うことが多かった.感想を書こうとすると,賛同の意見,反対意見と共に,愚痴の様なものが口をついて(キーボードをついて)出てくるので,リ…

セミナー

久々に機械学習系の話を聞いて楽しかった.アカデミックな雰囲気で元気が出る. また,自分自身は,方法論だけじゃなくて,意味ある(生命科学的に意味のある,実生活に役立つ,など)結果が出ることに興味が強いことを再認識.

キャリア応援マガジン「インキュビーベータ(incu-beβ)」

バイオ教育用キットを売っているリバネスが,研究者の卵向けフリーペーパーを創刊するそうです. http://2007.leaveanest.com/incu-be/beta/ 創刊号は遺伝研特集.