NCBI PowerScripting in EUtils: http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/eutils_help.html

bioinformatics

Entrezに対し、検索keywordを投げて、結果をXML(uidのリスト)で返す一連のutility。検索結果は、WebEnvというタグにunique idを書いてくれて、このunique idで、検索のパイプラインができるように、6時間程度サーバに保存しておいてくれるらしい。
たとえば、

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=cdk

とすると、PubMedでcdkを検索して、そのuidを返す。この結果では、3459個の結果がヒットして、内20個(基準は?)の結果を返してきている。




3459
20
0

15880679
15880444
15879558
15876898
15876871
15870436
15870265
15868934
15867383
15867250
15866881
15863515
15862825
15857508
15857291
15856029
15855174
15853645
15845746
15843986





cdk[All Fields]
All Fields
3459
Y

GROUP

また、elink.fcgiを利用すると、タンパク-＞遺伝子の変換が可能だ。

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/elink.fcgi?dbfrom=protein&uid=31542372&db=nucleotide

とすると、protein database（dbfromで指定）のGI#31542372(uidで指定)に関連した、nucleotideを取って来い、となって



protein

31542372


nucleotide
protein_nucleotide

51712828


31542371



な結果が返ってくる。複数のdbを指定するには、db=nucleotideの後に、カンマでdb名を複数つなげればよい。db=nucleotide,structure などなど。
あ、やっぱり、WebEnvが現れてないなぁ。
あと、NCBIのエントリに限ってもしょうがないよなぁ、two-hybridとか、そういうのも引いてきたい。もう一段genericなもの、求む。てか、作れ？