ちなみに来年は，香港, 12/18-21 です．http://www.math.hkbu.edu.hk/BIBM2010/ーーーーーーーー Chris Sander 物理からガンの生物学へ- ガンの細胞動態は複雑である． 複雑なデータから単純なモデルを導出したい． http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1876…

CPU/HDD的にヘビーな仕事が続くので、MacBook Pro 13インチを購入してSSDに換装しました。 やってきましたSSD。SAMSUNGの256GB、MLCのものです。外側にICチップとか全く無いのがかっちょよい（後のSSD装着後の写真参照） まずは、USBで外に付けてHDDの中身を…

Google AJAX APIを叩いて翻訳するライブラリを使うと、簡単に翻訳できます。（信頼性は保証しません:p） 準備 1.3.1以上のgemを用意します。1.2以前のバージョンの場合は以下を行ってバージョンアップ(今は1.3.4)します。 % sudo gem install rubygems-updat…

遺伝病辞典のOMIMは私の様なnon-native かつ門外漢な人には、ひじょーに理解じにくい。でも、大量にざーっとチェックしたいな−と思うときがあるので、日本語になっていると便利かも？というわけで、OMIMをひたすら機械翻訳するスクリプト作りました。 このエ…

Wikipediaの遺伝子発現量表示(e.g. http://en.wikipedia.org/wiki/P53 )にも使われているBioGPS ( http://biogps.gnf.org/ )の組織名を日本語にしてみました(Humanのみ)。門外漢なので、突っ込み歓迎です！ あと、勝手に組織の系統を付けてみました。翻訳に…

遺伝子のプロモータを得るだけのために、各種ゲノム配列を準備するのは面倒。NCBI のE-Utils利用すると、ゲノム配列の準備とかしなくても、プロモータ配列が得られます*1。準備するもの ruby rubygems xmlsimple ネットワーク環境 プロモータを得たい遺伝子…

「サーバ管理、お願い」「なにすればいいんですか？」 という質問に対しての答え文章です。具体的な作業は、その場その場で異なりますし、ネットに情報が繁茂しているので、ここでは心得的なものを示します。1. 管理する状況を作ろう なんといっても、管理す…

やり方は、http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/SettingUpEclipseForPluginDevelopment に掲載されているのですが、少し古いのでアップデートを含めて記載。 1. Eclipseを立ち上げてメニューから、File > New > Java Project 2. 普通にJavaのプロジェ…

某所で使えたので、手を染めてみました。まず、実行するプログラムの用意。最近のコンピュータは速いので、ちょっとした計算は直ぐに実行が終わってしまっておもしろくない。以下の様な（超無駄な）乱数を持った行列生成スクリプト make_rand_matrix.rb を用…

テオヤンセン展 http://www.hibiya-patio.jp/theo/ に行ってきました。美術としてどのように評価して良いかは分かりませんが、物が動くのはすばらしいし、こういうギミック大好きです。 1時間に1回動かしていたアニマリス・モデュラリウスの動画です。おしり…

毎年、年度頭の挨拶でも書いた方が良いかとおもうのですが、形式張ったのもどうかとおもうし、研究室に新入生も入って慣れてくるころなので、何か自分のスキルから学生に役立ちそうなものを書いてみることにしています（昨年と今年）。 自分で公開するのも恥…

http://d.hatena.ne.jp/sesejun/20090401/p1 で紹介したカーネル多変量解析本の続き。 演習があるべきだ、と言ったが一般にカーネル法だと、与えられた点の数だけ次元を持つ正方行列を扱うので、演習を作っても手で解くのがつらい。だから、こんな風にソース…

カーネル多変量解析―非線形データ解析の新しい展開 (シリーズ確率と情報の科学)posted with amazlet at 09.04.01赤穂 昭太郎 岩波書店 売り上げランキング: 107675Amazon.co.jp で詳細を見る機械学習やデータマイニングで、近年頻繁に用いられるカーネル法に…

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手軽にスロー撮影できるカメラで遊んでみました。機種は、CASIOのEXILIM EX-FC100です。CASIO デジタルカメラ HI-SPEED EXILIM EX-FC100 ホワイト EX-FC100WEposted with amazlet at 09.03.31カシオ (2009-02-20)売り上げランキング: 1504おすすめ度の平均: …

Cold Spring Harbor Laboratory のミーティングシリーズの一つ、Systems Biology: Networksに行ってきました。基本的にClosedなミーティングなので、ここでは、論文として公開されている情報にポインタが張れるレベルの内容を記載します。（興味がある方は、…

The seventh asia pacific bioinformatics conference (APBC 2009)に来てます。 氷点下の北京は寒い。 Olga Troyanskaya の Tutorial ひたすら、P2PやTAPなどの実験方法を列挙 ひたすら、Bayesian NetworkやSVMなどをoverview 細かい話には一切入らない Davi…

あけましておめでとうございます。 今年は、世の中的にも、私的にも、変化の多い年となりそうなので、 各所にご迷惑をおかけすることが多いかもしれませんが、 生暖い目で見守って頂けたらと思います :pP.S.1 更新頻度の落ちてる、このページも頻度あげてい…