APBC 2009

research bioinformatics

The seventh asia pacific bioinformatics conference (APBC 2009)に来てます。
氷点下の北京は寒い。

  • Olga Troyanskaya の Tutorial
    • ひたすら、P2PやTAPなどの実験方法を列挙
    • ひたすら、Bayesian NetworkやSVMなどをoverview
    • 細かい話には一切入らない
  • David Lipman の Keynote
    • NCBIの方向性の話とかするのかと期待。
    • 期待は裏切られ、ひたすらインフルエンザの話。
    • ひたすたひたすら、インフルエンザの話。
    • アメリカで流行ったのとヨーロッパで流行ったのが違う種類だったとか。
    • 本人楽しそう。個人的には、つまんない。
  • Pavel Pevzner の Invited talk
    • 「黒板使ってもいいよ、と言われたけど、こういうトークでは黒板は使わない様にしてるんだ」と。偉い。
    • 「でも、アルゴリズムの話とかは我慢してね」と。そりゃそうだ。
    • ゲノム配列のリアレンジメントと系統樹の再構成の話
    • ひたすらアルゴリズムの話をするのかと思ったら、写真やアニメーションを入れながら、応用にも気を遣った非常に良いプレゼンテーション。
    • Pevznerの論文や本がアルゴリズム過ぎて敬遠している方も、講演を聞く機会があったら、聞いてみると良いかも。
  • Martin Vingronの Invited talk
  • Michael Eisen のInvited talk
    • すごいデータ量。
    • 転写因子のChip-seqを用いた比較解析。
  • Michael Waterman先生のkeynote
    • 配列解析の話。1990年代の配列解析の話からスタートして、いきなり18世紀に戻ります！と言って、オイラーグラフの話に飛んでいく、おちゃめぶり。
    • 定石通り、オイラーグラフ - SBH。
    • アセンブラに使われるOverlap-layout-consensus。
    • 次世代シークエンサの話へ行って、改めて、Overlap-layout-consensus。
    • Educativeすぎて、私には新しいことが無い。アセンブリの話を聞いたことない人には、良い話だっただろう。
  • 感想
    • 採択率は、37.5%位。採択論文を、昨年より、少し生物寄りにしたらしい。確かに超計算理論だけ、という発表は昨年より少なかった鴨。
    • 一般の発表は全般的に良くできている。（レベルが高いとは言わないが、よくまとまった発表が多い）
    • Waterman先生が、はじめから最後まで、セッションに出席して質問していたのがびっくり。凄い体力だな。
    • 日本人が私を含め、2人しかいないかも。普通に中国語で話しかけられて困る。
      • 論文も、日本からは2件なので、論文比では妥当な人数。ポスターだけのために北京に行くのは、時間とお金が勿体ないしね。
    • 結構女性が元気ですね。計算機系の会議にしては、女性の比率高い。
    • 来年はインド。バンガロール。再来年は、韓国。
    • JSBi を英語にするのではなく、国際会議に出して、落ちたネタである事を投稿条件にして、日本語で発表して、みんなで論文を揉んで、国際会議に発表を増やすというのも良いような気がした。