次世代シークエンサのマッピング関係のソフトは成熟度がまだであるせいか、パイプラインの一部にしか成らないのを自覚しているせいか、インストーラが付いていません。なので、普通にコンパイルして、PATHの通っているディレクトリに置きましょう。 Bowtie, …

学生の練習問題的な感じですが，作ったのでメモを残しておきます．以下の様にすると，input.fasta内の配列を1000本ずつに分けて，input.0001.fasta, input.0002.fasta,... というファイルに保存します． ruby seq_split.rb input.fastaオプションは -o : 出…

BLAST(blastn)の結果を次世代シークエンサで使われるSAM形式に変換するスクリプトです．SAM toolsの中にも，blast2sam.plというperlスクリプトがあり，これのruby移植です． 少し拡張してあって，SAM toolsのblast2sam.plだと配列やquarity valueを出してく…