BowtieとBWAのインストール

次世代シークエンサのマッピング関係のソフトは成熟度がまだであるせいか、パイプラインの一部にしか成らないのを自覚しているせいか、インストーラが付いていません。なので、普通にコンパイルして、PATHの通っているディレクトリに置きましょう。

• Bowtie, BWA共通
  • パスを通します。ここではbash/zsh系を使っているとして、$HOME/bin にインストールすると仮定します。
    • .bashrc もしくは .profile (zshなら.zshrc)に以下を付け加えます。

export PATH=$HOME/bin:$PATH

• • • ログアウトしてログインしなおすか、source ~/.bashrc (or source ~/.zshrc)をします。
• Bowtie
  • ダウンロードします。ファイルは、http://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie/0.12.5 にあります。CPU毎にわかれていますが、ここではコンパイルもする為、bowtie-0.12.5-src.zip　をダウンロードします。
  • 展開してコンパイルします

% unzip bowtie-0.12.5-src.zip
% cd bowtie-0.12.5
% make

• • 必要なファイルを移動します

% cp bowtie bowtie-build bowtie-inspect $HOME/bin/

• • 移動しなくても、./bowtie ... とかすると動きます。また、マニュアルに書かれているサンプルデータは、bowtie-0.12.5のディレクトリのindexesやreadsに入っています。
• BWA
  • ダウンロードします。ファイルはhttp://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/　にあります。こちらもCPU毎にわかれていますが、ここではコンパイルもしますので、bwa-0.5.8a.tar.bz2 をダウンロードします。
  • 展開してコンパイルします。

% bzip -dc bwa-0.5.8a.tar.bz2 | tar xvf - 
% cd bwa-0.5.8a
% make
% cp bwa $HOME/bin/

• • いくつかのperlスクリプトが入っているので、もし使いたければコピーします。

% cp *.pl $HOME/bin