CytoscapeのPluginをEclipseで開発する

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やり方は、http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/SettingUpEclipseForPluginDevelopment　に掲載されているのですが、少し古いのでアップデートを含めて記載。
1. Eclipseを立ち上げてメニューから、File > New > Java Project
2. 普通にJavaのプロジェクトを作成する (ここでは、MyPluginとする)
3. MyPluginをPackage Exploerで右クリックして、Properties を選択する。新しい画面が現れる。
4. Java Build Path > Libraries を選んで、Add External JARs... から、Cytpscapeのディレクトリ（Macなら/Applications/Cytoscale_your_version/）の中にある cytoscape.jar を選択して追加。
5. 更に、Add External JARs... から、Cytpscapeのディレクトリの下の、libsにある全jarを選択して追加。
6. OKを押す。
7. プログラムを適当に書く。たとえば、HelloWorldPluginとして、次の内容を記述する

import javax.swing.JOptionPane;
import cytoscape.plugin.CytoscapePlugin;
import cytoscape.Cytoscape;

public class HelloWorldPlugin extends CytoscapePlugin {

	public HelloWorldPlugin() {
		String message = "Hello World!";
		System.out.println(message);
		// use the CytoscapeDesktop as parent for a Swing dialog
		JOptionPane.showMessageDialog(Cytoscape.getDesktop(), message);
	}
}

8.Cytoscape起動時に、このクラスを発見してくれるように、jarを用意する。

9.適当なディレクトリに移動して、jarを作成する。ファイルがあることが重要なので、プログラムが動く必要は無い。

jar -cf HelloWorldPlugin.jar /path/to/HelloWorldPlugin.class

10.jarをCytoscapeのディレクトリの下のpluginsにコピーする

cp HelloWorldPlugin.jar /path/to/Cytoscape/plugins
||< 
11.Eclipseに戻って、Run as > Run Configuration...から、Java Application用のプロファイルをを作成し、(1) Main > Main classにcytoscape.CyMain を入れ、(2) Arguments > Program argiuemtsには、以下を入れる（cytoscapeのパスに置き換えること）
>||
-p /path/to/Cytoscape_version/plugins

あとは、普通にeclipse上のプログラムを書き換えて、デバッグできます。/path/to/Cytoscape/plugins以下は入れ替える必要はありません。