ciona genome

公演を聴いてきた。"Noncoding DNA function and evolution in mammals and sea squirts"。でも、Comparative genomicsの話は全くせず、題名と違い、ciona genomeのアセンブリの話と、遺伝子発現の解析の話のみに終始。
とはいえ、

• 2倍の倍数体 のアセンブリストラテジーは、１倍数体それぞれのゲノムアセンブリを行った後、それぞれ出来上がったsupercontig を、比較しながら、間違っている部分を修正していく
• 大域的には、Laganを用いてalignment
• 修正は、はじめsupercontigのグループを作って、それを組み合わせていく
• グループは自動で求めるが、その後の組み合わせと、inversionしている部分は手作業でひっくり返す

ということだった。概論のみで、詳細は不明。