Computational Cell Biology @ CSHL

research

Cold Spring Harbor Lab.のmeeting の１つ．都合により2日目昼前からの参加．まだ，最後のセッション途中ですが，以下，全体的な感想を．

  • 寒い！！！最高気温が0度に届かない．最低気温-10度以下．
  • 参加者は150名程度．CSHLの会場のサイズを考えると適切（か，少し少ないぐらい）．朝食・昼食もスムーズに食べられる（食べられるだけで，味は相変わらず）．無線LANもスムーズに繋がる．
    • 5月のbiology of genomesは，人が多すぎて悲惨ですからね・・・
  • いわゆるSystems Biologyという言葉が出来る前から続く，単一細胞の内・外に着目した数理生物学の流れの会議．2年に1度．
  • 多くの発表は，実験結果や過去の知見から，パスウエイモデルを建てて，モデルを微分方程式で表現して，シミュレーション＆検証．あるいは，シミュレーションから，実験検証．
    • 口頭発表では，実験だけ，計算だけの発表は，ほぼない．(ソフトウエアデモを除く)
    • Model - Experiments のフィードバックの重要性を強調する発表が多い．
  • モデル上の遺伝子（たんぱく質）の数は，1桁後半のものが多いが，10を越えるようなものもある．また，細胞全体に目を向けているものもある．
    • 少し前の，いつも決まったパスウエイだけが調べられてきた印象に比べると，（今も，それらのパスウエイに関する研究が多いが）だんだんその他のパスウエイも扱える状況になってきた印象
    • その一方で，どのようなモデルを建てるのか，モデルのどこに着目するのか，が勝負を分ける
      • シミュレーションをするのだから，当然ですかね．モデルの切り出し（モジュール）を失敗すれば，シミュレーションも出来ないですし．
    • 10を越える遺伝子の系を考えても，シミュレーション上は全てを利用している分けではなく，5遺伝子程度だったりする．
  • マイクロアレイなどでは観測が難しい（現状出来ない），単一細胞内でのlocalizationの違いを見た発表もある．
  • ソフトウエアデモのセッション有り
    • デモで発表されているソフトウエアが使われた，口頭発表って無かったような・・・大抵Mathematicaとか使っているようだ．
  • 顕微鏡画像を動画で取っている発表が多数．
    • 見た目に面白い実験が多い．GFPなどが比較的気楽に出来るようになったおかげか．
  • 定量的な情報を，細かいタイムスケール，高い空間分解能で取るのが重要．
    • そのために，画像・動画からFeatureを抽出して，定量化して，モデル化する研究も多数
      • ショウジョウバエの細胞形状を取り出す．細胞はRNAiで特定遺伝子をノックアウトしたもの．
      • 分裂酵母のactin patchを抽出して，actin patchのself organizationと，actin filamentの役割をシミュレーション，など．
  • biology of genomes に比べると「おーっ」と思うものがほとんど無い．恐らく，genomeの様に新たな統計情報が出てきて，常識が打ち破られる，あるいは，常識が打ち破られそうと思う事が無いからだと思う．細かい系を良く調べている研究が多いので．
    • 結局は，微分方程式を作ったり，その系の動きをシミュレーションしたり，bifurcationを観測したりする複雑系の解析は，有る意味，昔からある基本的な手法なんだよなー．
  • Keynoteで作ったと思われるスライドが半分位 ^^; (もっと少ないかも知れないけど，目立つので結構量が多い印象)
    • シグナルの流れを，逐一アニメにしている発表も少なくないので，アニメーションが作りやすいkeynoteが好まれるのかな．
  • 次回は，2年後の2009年3月とのこと．