日本は、ゲノムを読む予算が縮小しているかもしれませんが、ターゲットを絞って調べると、まだまだゲノムを読んで、はじめて実験系が効率よく構築る場合があると思います。米国は、しっかり選択して読んでいます。そして、アノテーションパイプラインを組ん…

ゲノム検索してたら、出てきました。性格診断。

こういうマニュアルを、自分のサイトにも書かねば！

あちこちの記事が書かれていますが、http://www4.macnn.com/macnn/wwdc/05/ を引いておきます。発表の時間に沿って詳しく書かれています。Mathematicaも、簡単にポートできますかー。（もっとハードに近いものをポートしてほしかった） Jobs introduces Wolf…

すげー。地元の写真パシャパシャとりまくって、Mapquestの地図上に貼ってるよ！衛星写真より、地元感あふれてよい。

6/5 追記 人によって特にevidenceの判断が分かれる論文のGO annotation. MGIのマウスの人は、個々の遺伝子は調べられているものも多いので、sequence similarityによるevidence(ISS)は厳格に判断するので、under calling な内容になっているみたいだ。一方、…

6/5 追記 GO Annotation (http://www.geneontology.org/GO.current.annotations.shtml)で、EBIが出している *.goa_ なファイルは信用度の低いものも含まれ、各種のmanual curationが終わったものは、goaからエントリーを抜き、各種のファイルに移動するよう…

4人程度のチーム(必ず一人はGO Consortiumの人が入る)に分かれてannotation (午前1つ、午後1つ)。GOな人は、論文を見るポイントが、我々の直感とちがうなぁ＆nativeな人は、やっぱり読むのもはやいなぁ。午後は、GOな人5人位と、SNPが形態異常(今回選んだ論…

やはり、キュレーターによって、Annotationに揺らぎが生まれるなぁという印象。 必要な場合には、Annotationの理由(evidence)によって、スクリーニングをかけるべき。IEA(Inferred from Electoric Annotation)なものは、はぶいたりとか。 evidenceの信用度は…

http://aretha.jax.org/pub-cgi/phenome/mpdcgi?rtn=docs/home