翔泳社DB Magazine http://www.seshop.com/share/category.asp?cid=2542 の2007年7月号に2ページほど寄稿させていただきました．増永先生＠青学の連載されている研究紹介の項目です．5月24日発売だそうです．内容は2006年11月のJSBi・Systems Biology研究会(…

ラストスパートであります・・・が，首根っこ捕まれて，妨害されました．何とか妨害を振り切りました．

http://jssts.org/content/view/93/31/ 日程・時間： 6月2日（土）13:00〜17：30 場所： お茶の水女子大学 理学部3号館 ７階 あ，隣の部屋だ．有名人多いし，覗きに行こうかな． 皆さん，シンポジウム終わったら張った案内板はちゃんと剥がして下さいねー （…

NM番号の付いた遺伝子をKEGGにmapしたかったので調べたメモ． データの在処 ftp.genome.ad.jp:/pub/kegg/ PathwayのXML xml/map/ reference pathwayのもの ファイル名は "map" + $pathway_id + ".xml" xml/ko/ reference pathway(KO)のもの XML上のmapとの違…

http://compbiol.plosjournals.org/perlserv/?request=get-document&doi=10.1371/journal.pcbi.0030044 後で読んで，感想を書く予定．（ここに）

BioRubyにGO Database on ActiveRecord pluginがリリースしたらしい． http://bioruby.g.hatena.ne.jp/nakao_mitsuteru/20070411/go_database_on_active_record_released Rubyしってて，Railsしってて，DBしってて，GOしってて，AmiGOしってて・・・って使う…

理論的に面白く，迅速に良い結果を返すが，解き方が複雑な手法より，理論的な面白さや迅速な計算は期待できないけど，分かりやすい手法の方が流行ることがある．学術世界であっても．

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/beta/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastHome

http://main.g2.bx.psu.edu/ 非常に良く作り込んである，印象． http://g2.trac.bx.psu.edu/wiki/ScreenCasts に動画が置いてある．この中でも，Screencast 20 の動画が面白い． UCSCのゲノムブラウザに galaxyへexportするチェックボックスが用意されており…

http://lifesciencedb.mext.go.jp/ mext下になってる :p．とりあえず，atomをはてなRSSに登録． URLが楽しい，こっちのサイトもRSSをチェック http://orz.kazusa.or.jp/ajacs/

BioinformaticsのApplications Noteに出ています．画面のキャプチャも，実例もほとんど書かれておらず，簡単なシステム構成図だけ．もう少し，機能紹介とかしてくれないかなぁ（ホームページ見れば良いのだろうけど，論文として見どころが薄い感じ）． http:…

結構長い間，クラス分類とも，クラスタリングとも言いにくい，非常に多くのラベルが各点に(場合によっては複数)付与されている問題にアタックして来ていたが，近年．SVMや確率論的な人たちからも近い問題が議論されている．その内容をまとめた本が出ているこ…

暫く先の話だが，メモ． http://meetings.cshl.edu/meetings/info07.shtml November 1 - 5, 2007 Abstract Deadline: August 8, 2007

空港の待ち時間にぱらぱらっとめくったForbesに, Cytoscapeで描いたY2Hの写真があってびっくり． http://cytoscape.seesaa.net/article/35108723.html ３月１２日号（今週号）の雑誌Forbes７２ページに、Friendster for Proteinと言う記事が掲載されましたが…

Cold Spring Harbor Lab.のmeeting の１つ．都合により2日目昼前からの参加．まだ，最後のセッション途中ですが，以下，全体的な感想を． 寒い！！！最高気温が0度に届かない．最低気温-10度以下． 参加者は150名程度．CSHLの会場のサイズを考えると適切（か…

3月から4月にかけて，Bioinformatics.orgでオンラインコースが行われるようだ． http://edu.bioinformatics.org/mod/wiki/view.php?id=16

fastercsvを使うだけ．ruby標準のcsvライブラリは激遅．"で囲ってあるのも対応． fastercsvのインストール $ gem install fastercsv 次のファイルをcsv.rb とでもして保存 #!/usr/bin/env ruby require 'rubygems' require 'fastercsv' cols = ARGV.shift.sp…

復活させてもらった．ありがたや．ありがたや．

様々なグラフの配置について紹介した本． Graph Drawing: Algorithms for Geometric Representations of Graphsposted with amazlet on 07.02.16Ioannis G. Tollis Giuseppe Di Battista Prentice Hall 売り上げランキング: 122567Amazon.co.jp で詳細を見る

2007年10月25-28 ＠San Joseとの事． http://tesuque.stanford.edu/biocurator.org/Mtg2007/index.html

Sequence Ontology Browser が miSO だよ． http://www.sequenceontology.org/miSO/ なんというか，すごい絵だな．

http://nais.to/~yto/clog/2007-01-23-5.html http://www-csli.stanford.edu/~schuetze/information-retrieval-book.html Christopher D. Manning, Prabhakar Raghavan and Hinrich Schützeという，素晴らしいメンバーによる本．Raghavanはデータマイニング…

KEGG APIのcolor_pathway_by_objectsとget_html_of_colored_pathway_by_objects を使って，Pathway上の遺伝子に色を付けようとしていたのだが，次の2つの条件で全くレスポンスが貰えなくなる． 遺伝子(kegg id)の数と，指定した色の数が違う時 入力した遺伝…

http://jnci.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/99/2/147 2004年のマイクロアレイ解析をチェックして問題を指摘した上で，「すべし，すべからず」を50項目挙げている．でも，この50項目，確率とか機械学習が何たるかを知っていれば当然の事ばかり．解…

http://www.kazusa.or.jp/workshop/genome2007/ おお，ロゴが右下に！もっと上の方でアピールしてもいいのに！ 何喋るかなー

新しいジャーナルが創刊したようです．ちょっと変わっていて，内容の主観的な面白さ以上に，内容の正しさを評価して，掲載を決めます．そして掲載を決めた後は， If published, papers will be made available for community-based open peer review involvi…

http://nar.oxfordjournals.org/content/vol35/suppl_1/index.dtl 現時点で，トップページからリンクはないんだけど，見られるみたい？ データベースが多く成りすぎて，意味不明になりつつある． 気になったものを，ざっくりと，はてぶに放り込みました．htt…

ありがたいことに，一つ新しいプロジェクトに誘っていただけそうだ． 一つ一つ成功に繋げよう．

今年こそは，GIWに，久々に行こうと思っていたが，結局行けず．

http://d.hatena.ne.jp/sesejun/20061128 で紹介させていただいたシンポジウム the First Online EMBL PhD Symposium が終わりました．様々な人の発表が，動画で見られる(aviとmov．あと音声だけのものもあり)ようになっていて，それを見て，IRCで議論する形…