いつか出ると思っていたが，ついに出た．Brain-Mapのチームの論文( http://www.brain-map.org/ )． http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/abs/nature05453.html 約2万遺伝子に関して，in situ hybridization(ISH)を行った結果と解析．超新し…

http://virtualsymposium.predocs.org/ オンラインで，生命科学の様々なことや，科学者としてのキャリアについて語りましょう．という会らしい． 期間は12/4 9:00 (CET)〜12/8 16:00(CET)．時差は8時間なので，日本では12/4 17:00(JST)スタートか．全日は無…

少しお手伝いさせていただいた論文が出ました（報告遅れました）． http://www.pnas.org/cgi/content/short/103/47/17846 ヒトの転写開始点のばらつきは理解不能だー，となってますが，酵母でも，やっぱり転写開始点はバラつきがあります，という論文です．…

http://lab.bcb.iastate.edu/yabi/ Bioinformatics リソースへのリンク集．ディレクトリ型．まだ，あまり充実していない感じ．

PLoS Comput. Biol. に Ten Simple Rules for Selecting a Postdoctoral Position という記事が書かれていた． http://compbiol.plosjournals.org/perlserv/?request=get-document&doi=10.1371%2Fjournal.pcbi.0020121 当然の項目がならびサプライズは無いが…

Nature Reviews Molecular Cell Biology と Nature Reviews Cell Biology の共同企画． Review Article の形式をとっているが，専門外の人も読みやすいようになっている（たぶん）． Systems Biologyを広義にとらえているようで，いわゆるBioinformaticsに近…

幸運にも進み始めた．大変だが嬉しい．しっかり成果を出そう．

アルゴリズムや統計に慣れてない人に，短時間でアルゴリズムや統計の話をするには， どうしたらよいのだろうか・・・．

スタートできるか！？更に忙しくはなるが，お手伝いできれば 大きなリサーチに繋がりそうで，ハッピーだ．

すっかりRが色々な機能を持って，良い循環が回っている気がする． （グラフィックが全般的にダサいけど，実用上問題なし） http://d.hatena.ne.jp/kwg/20061112/p2 あれやら，これやらのソフトを作るときにはRとの連携をしておくべきか．

午前中は授業だったので午後から顔を出す． 久々に皆さんに挨拶したのと，学部教育を受講してくれていた学生が成長し， 発表していたのは，嬉しかった． 商用化を見据える分けでもなく，興味＆イベントドリブンで進むプロジェクト群も 好きである． でも，全…

結果にめげずに攻めるべし！ 立ち止まらず，考えながら走ろう！

http://ygsj.exblog.jp/3592506 Yeast Genetics and Molecular Biology Meeting 2006 の報告と共に， 配られた酵母のリソースリストが添付されている．

GO(http://www.geneontology/org)のデータベースはMySQL形式が公開されていますが， PostgreSQLでは，そのままでは動かないので，テーブル作成のSQLやデータを入れるスクリプトをまとめて， 「http://www.se-se.jp/doc/go-postgres.html(http://www.se-se.jp…

リアルに実験がしたいのだが，なかなか理解してもらえないなぁ．理解してもらえるように，頑張ろう．．．．何事も，自分で手を動かしてやってみないと，問題点が見えてこないとおもっているので，やっぱり必要なんだよな．

Seasar2のJSFサンプルを動かすまでの手順． 用意したもの Eclipse 3.2 (http://www.eclipse.org/) Apache-Tomcat 5.5.17 (http://tomcat.apache.org/download-55.cgi) Eclipse Tomcat Plugin 3.1 final (http://www.sysdeo.com/eclipse/tomcatplugin) Seasar…

昨日のkeynote3.0.1で.svnが消されてしまう問題を解決するために行った 一連の作業をシェルスクリプトにしました．zshです． 昨日はcheckoutしてたところをupdateにしました． #!/bin/zshsetopt EXTENDED_GLOBif [ -z $1 ]; then echo "Usage: $0 commit_key…

http://www.mainichi-msn.co.jp/science/rikei/news/20060503ddm016040175000c.html のボードゲームを頂きました．ありがとうございます．今度遊びましょう＞皆様． でも，生々しくて，小心者の私には出来ないかも．

http://www.ntu.edu.sg/home/assourav/crank.htm http://eswars.blogspot.com/2006/03/computer-science-conference-rankings.html より。 International ConferenceをRank1, 2, 3 と分野ごとにわけている。Rank1は、まーそうかなぁという所だが、盲目で信用…

TraceSearch - Google for the genome Sanger Institute's 100-fold faster DNA search engine ( http://www.sanger.ac.uk/Info/Press/2006/060321.shtml) 全生物種を検索して、3-5秒。Opteronクラスタを利用。

http://amrita.s14.xrea.com/d/?date=20050922#p05 「面白い競争の座標軸を設定する」というのは研究でも最も重要視されることです。ほぼ全ての研究は既存の研究結果（知識）を既存の座標軸に沿って、少し改善しているだけで、座標軸の設定はしません。バイ…

公演を聴いてきた。"Noncoding DNA function and evolution in mammals and sea squirts"。でも、Comparative genomicsの話は全くせず、題名と違い、ciona genomeのアセンブリの話と、遺伝子発現の解析の話のみに終始。 とはいえ、 2倍の倍数体 のアセンブリ…

PNAS、2月8日号より。ちょっと古いけどメモしてなかったので、メモ。 PathBLASTを作って、酵母、線虫、ショウジョウバエの間で、Two-hybridネットワークが共通して存在し、かつ配列のホモロジーが保存されているものを列挙してみました。という論文。 http:/…

http://grants.nih.gov/grants/guide/notice-files/NOT-OD-05-045.html 日経BTJ/HEADLINE/NEWS 680号で知りました。税金を使った研究なんだから、特定の雑誌に掲載して、購読者が読めるのではく、論文は広く一般に公開すべき。正しい。正しすぎる。もちろん…

Nature Method Gene identification signature (GIS) analysis for transcriptome characterization and genome annotation http://www.nature.com/cgi-taf/DynaPage.taf?file=/nmeth/journal/v2/n2/abs/nmeth733.html

http://homepage.mac.com/toshihiro_aoyama/iPapers/browse.html.ja めもめも。PubMedだけでなくて、research index とかACMとかの計算機系のも管理したいなぁ。現在の論文整理はlocal wiki + 検索 google desktop。いまいち。

http://thescientistblog.blogspot.com/2005/01/new-technique-for-tracking-gene.html 遺伝子制御のBinding Siteを調べる新実験手法がCellに発表されたらしい。めもめも。 まだ詳しくみていないが、ChIPでDNAを吊り上げ、吊り上げたDNAから21塩基分をLongSA…

http://www.nature.com/cgi-taf/DynaPage.taf?file=/nbt/journal/v23/n1/abs/nbt1053.html From nature biotechnology. こんなin silico の論文もbiotechnologyに載るのか。

A comparative success Nature] intraspecies sequence comparisons for annotating genomes http://www.genome.org/cgi/content/abstract/14/12/2406?view=abstract

Mathematics Is Biology's Next Microscope, Only Better; Biology Is Mathematics' Next Physics, Only Better http://www.plosbiology.org/plosonline/?request=get-document&doi=10.1371/journal.pbio.0020439 Conservation and Evolution of Cis-Regulat…