バイオ系雑誌に載った機械学習/計算機科学の解説記事

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主に計算機科学の機械学習・データマイニング系の説明で、バイオの雑誌に載った解説記事です。ツールを使いこなす人が、中身を知りたかったり、作る人に変身したい場合や、情報科学(機械学習、データマイニング系）の人が、ゲノム解析などでどうやって利用されているのかを知るのに良いとおもう。追加する記事募集です。

  • 決定木の解説

What are decision trees?
Carl Kingsford & Steven L Salzberg
Nature Biotechnology 26, 1011 - 1013 (2008)
http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n9/abs/nbt0908-1011.html

What is the expectation maximization algorithm?
Chuong B Do & Serafim Batzoglou
Nature Biotechnology 26, 897 - 899 (2008)
http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n8/abs/nbt1406.html

What are artificial neural networks?
Anders Krogh
Nature Biotechnology 26, 195 - 197 (2008)
http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n2/abs/nbt1386.html

  • PCA(主成分分析)の解説

What is principal component analysis?
Markus Ringnér
Nature Biotechnology 26, 303 - 304 (2008)
http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n3/abs/nbt0308-303.html

Support Vector Machines and Kernels for Computational Biology.
Ben-Hur A, Ong CS, Sonnenburg S, Schölkopf B, Rätsch G (2008)
PLoS Comput Biol 4(10): e1000173
http://www.ploscompbiol.org/article/info:doi/10.1371/journal.pcbi.1000173

  • NMFを用いて行列分解する方法を用いた解析の解説

Nonnegative Matrix Factorization: An Analytical and Interpretive Tool in Computational Biology.
Devarajan K (2008)
PLoS Comput Biol 4(7): e1000029.
http://www.ploscompbiol.org/article/info:doi%2F10.1371%2Fjournal.pcbi.1000029

A Primer on Learning in Bayesian Networks for Computational Biology.
Needham CJ, Bradford JR, Bulpitt AJ, Westhead DR (2007)
PLoS Comput Biol 3(8): e129.
http://www.ploscompbiol.org/article/info:doi/10.1371/journal.pcbi.0030129

What is a hidden Markov model?
Nature Biotechnology 22, 1315 - 1316 (2004)
Sean R Eddy
http://www.nature.com/nbt/journal/v22/n10/full/nbt1004-1315.html

Machine Learning and Its Applications to Biology.
Tarca AL, Carey VJ, Chen X-w, Romero R, Drăghici S (2007)
PLoS Comput Biol 3(6): e116.
http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pcbi.0030116

  • ネットワークの性質を利用した生体ネットワーク解析

Network biology: understanding the cell's functional organization
Nature Reviews Genetics 5, 101-113 (February 2004)
Albert-László Barabási & Zoltán N. Oltvai
http://www.nature.com/nrg/journal/v5/n2/abs/nrg1272.html

  • ネットワーク上で頻出かつクリークなパターンの発見による解析の話

Network Motifs: Simple Building Blocks of Complex Networks
R. Milo, S. Shen-Orr, S. Itzkovitz, N. Kashtan, D. Chklovskii, U. Alon
Science 25 October 2002: Vol. 298. no. 5594, pp. 824 - 827
http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/298/5594/824