今週のScienceにNewsが載っている。ヒトの細胞における蛋白の局在情報が公開されるらしい。記事本文にもURLの記載は無し。 以下ScienceのRSSフィードの内容(RSS feedに載っている文章って、転載していいんですよね？？) Proteomics researchers in Sweden pl…

某のウェブログより。 http://bonohu.jp/t/20050824.html#p04 一般的にMLは、昔は議論が活発でしたけど、今はアナウンス中心に。bioinfo-MLの場合、1000人規模というのを考えると、アナウンス中心のMLでよいのではないかと思います。質問したい人が居ても、…

平成17年度 神奈川科学技術アカデミー教育講座 バイオインフォマティクス コース 〜 基礎知識と技術の習得に向けて 〜 某のウェブログで知りました。http://bonohu.jp/t/20050823.html#p02 バイオインフォマティクスの人を、幅広く集めてますね。 「D.インハ…

某氏が、バグ発見にて そろそろCVSで管理した方がいいかなぁ。 と言っていたのを見て、開発環境のサマリも面白いかと思い立った。研究効率には影響するが、論文には現れない部分だし。 以下に、我々のSCMD（ http://scmd.gi.k.u-tokyo.ac.jp ) の開発環境と…

http://compbiol.plosjournals.org/perlserv/?request=get-toc&issn=1553-7358&volume=1&issue=1 第一号が、出ております。

http://www.biologynews.net/archives/2005/06/23/invitrogen_launches_ipath_a_unique_systems_biology_platform_at_bio_2005.html Human curationされたヒトのpathwayに関するデータと、web interface。 i-Path includes maps of pathways that cover more…

おめでとうございます！！！ http://BioRuby.org/ BioRubyMLより この度、BioRuby/ChemRuby プロジェクトが IPA の未踏ソフトウェア創造事業に採択され、本日プレスリリースされました。 プレスリリース http://www.ipa.go.jp/about/press/20050621.html 公…

http://lsjapan.exblog.jp/ にてトークさせていただきました。 自分としては、ちょっと焦点絞り損なった反省が多いのですが、 何名かの方から、「おもしろかった」と言ってもらえてよかったよかった。 もちろん、○○なトークがすくないっす！聞きたいっす！っ…

内輪の冊子だが、後輩から原稿依頼。自己整理も兼ねて書くかな。

naoyaさんの、「Webそのものがプラットフォームになる。次世代のWebの在り方「Web 2.0」」http://bb.watch.impress.co.jp/cda/alphageek/9965.html を見ながら、結局自分たちがやっている仕事は、bench workをしている方たちの、データのremixing なんだよな…

http://bonohu.jp/t/20050615.html#p08 で知る。 Chipping Forcast III ですか。Chipping Forcast I のころの、発現量の解析をどうするか、というところから大分シフトして、SNPチップやら、Cell Chipやらと、バリエーションの増えたさまざまなチップに焦点…

日本は、ゲノムを読む予算が縮小しているかもしれませんが、ターゲットを絞って調べると、まだまだゲノムを読んで、はじめて実験系が効率よく構築る場合があると思います。米国は、しっかり選択して読んでいます。そして、アノテーションパイプラインを組ん…

こういうマニュアルを、自分のサイトにも書かねば！

6/5 追記 人によって特にevidenceの判断が分かれる論文のGO annotation. MGIのマウスの人は、個々の遺伝子は調べられているものも多いので、sequence similarityによるevidence(ISS)は厳格に判断するので、under calling な内容になっているみたいだ。一方、…

4人程度のチーム(必ず一人はGO Consortiumの人が入る)に分かれてannotation (午前1つ、午後1つ)。GOな人は、論文を見るポイントが、我々の直感とちがうなぁ＆nativeな人は、やっぱり読むのもはやいなぁ。午後は、GOな人5人位と、SNPが形態異常(今回選んだ論…

やはり、キュレーターによって、Annotationに揺らぎが生まれるなぁという印象。 必要な場合には、Annotationの理由(evidence)によって、スクリーニングをかけるべき。IEA(Inferred from Electoric Annotation)なものは、はぶいたりとか。 evidenceの信用度は…

バイオファンドのニュースが立て続けに入っています。 ライブドアのバイオ専門ファンドの全容明らかに http://nikkeibp.jp/wcs/leaf/CID/onair/jp/flash/377286 ソフトバンク・インベストメントは新井賢一氏と新プロジェクト画策 ファンドは既に72億円に増額…

この文章自身はよくまとめてあると思います。内容に関しては、論文でも、そうなのですが、コンピュータ言語のオブジェクト指向と微妙に趣がちがう気がします（飛ばし読みなので、間違ったら指摘お願いします）。生物学のデータを、階層構造をもったデータと…

http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/mj05/mj05_rss.html EUtilsを見たときに、まず考えたのは、興味ある遺伝子、単語にRSS Feedsを用意して提供することでしたが、やはり、つくってましたか。いちいち論文誌を探さなくても、RSSが興味ある遺伝子、パスウ…

Entrezに対し、検索keywordを投げて、結果をXML(uidのリスト)で返す一連のutility。検索結果は、WebEnvというタグにunique idを書いてくれて、このunique idで、検索のパイプラインができるように、6時間程度サーバに保存しておいてくれるらしい。 たとえば…

気付いたら、Molecular Biology of The Cell なども全文検索可能になってる。

http://itpro.nikkeibp.co.jp/free/NIP/NIPCOLUMN/20050224/156656/ 短すぎて文章そのものは、可も無く不可もない文章。メディアへの露出の機会が増え、分野が正しく発展すると良いなぁ。ただし、この業界で2年前に書かれた、しかも日本語の文章を参照記事に…

http://biobar.mozdev.org/ バイオ系データベースを検索するfirefox extension。 単なる検索窓のようです。

http://hotwired.goo.ne.jp/news/technology/story/20050207306.html 記事としては、たいしたことは無い。

http://gata.sourceforge.net/ ゲノムのリアレンジメントを行って、Graphicalに見せるツール。 例があまり長いDNAじゃないなぁ。3,000塩基位。Blast使っているし、短い領域のリアレンジメントを見る程度か。

http://www.reactome.org/ NAR DB Issueの論文 http://nar.oupjournals.org/cgi/content/full/33/suppl_1/D428 めもめも。

http://arxiv.org/archive/q-bio

http://www.genmapp.org/

http://envgen.nox.ac.uk/biolinux.html

http://www.ploscompbiol.org/