やり方は、http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/SettingUpEclipseForPluginDevelopment に掲載されているのですが、少し古いのでアップデートを含めて記載。 1. Eclipseを立ち上げてメニューから、File > New > Java Project 2. 普通にJavaのプロジェ…
某所で使えたので、手を染めてみました。まず、実行するプログラムの用意。最近のコンピュータは速いので、ちょっとした計算は直ぐに実行が終わってしまっておもしろくない。以下の様な（超無駄な）乱数を持った行列生成スクリプト make_rand_matrix.rb を用…
テオヤンセン展 http://www.hibiya-patio.jp/theo/ に行ってきました。美術としてどのように評価して良いかは分かりませんが、物が動くのはすばらしいし、こういうギミック大好きです。 1時間に1回動かしていたアニマリス・モデュラリウスの動画です。おしり…
毎年、年度頭の挨拶でも書いた方が良いかとおもうのですが、形式張ったのもどうかとおもうし、研究室に新入生も入って慣れてくるころなので、何か自分のスキルから学生に役立ちそうなものを書いてみることにしています（昨年と今年）。 自分で公開するのも恥…
http://d.hatena.ne.jp/sesejun/20090401/p1 で紹介したカーネル多変量解析本の続き。 演習があるべきだ、と言ったが一般にカーネル法だと、与えられた点の数だけ次元を持つ正方行列を扱うので、演習を作っても手で解くのがつらい。だから、こんな風にソース…
カーネル多変量解析―非線形データ解析の新しい展開 (シリーズ確率と情報の科学)posted with amazlet at 09.04.01赤穂 昭太郎 岩波書店 売り上げランキング: 107675Amazon.co.jp で詳細を見る機械学習やデータマイニングで、近年頻繁に用いられるカーネル法に…
Rの基礎とプログラミング技法posted with amazlet at 09.03.31U.リゲス シュプリンガー・ジャパン(株) 売り上げランキング: 41558Amazon.co.jp で詳細を見る学生にRの言語の勉強をして欲しくて、本を探している。Rを使ったデータ解析について書かれた本のR入…
手軽にスロー撮影できるカメラで遊んでみました。機種は、CASIOのEXILIM EX-FC100です。CASIO デジタルカメラ HI-SPEED EXILIM EX-FC100 ホワイト EX-FC100WEposted with amazlet at 09.03.31カシオ (2009-02-20)売り上げランキング: 1504おすすめ度の平均: …
Cold Spring Harbor Laboratory のミーティングシリーズの一つ、Systems Biology: Networksに行ってきました。基本的にClosedなミーティングなので、ここでは、論文として公開されている情報にポインタが張れるレベルの内容を記載します。（興味がある方は、…
The seventh asia pacific bioinformatics conference (APBC 2009)に来てます。 氷点下の北京は寒い。 Olga Troyanskaya の Tutorial ひたすら、P2PやTAPなどの実験方法を列挙 ひたすら、Bayesian NetworkやSVMなどをoverview 細かい話には一切入らない Davi…
あけましておめでとうございます。 今年は、世の中的にも、私的にも、変化の多い年となりそうなので、 各所にご迷惑をおかけすることが多いかもしれませんが、 生暖い目で見守って頂けたらと思います :pP.S.1 更新頻度の落ちてる、このページも頻度あげてい…
ただのメモ。 deliciousのFriendsを得るjson&RSS. joshuaさんのもの。 http://feeds.delicious.com/v2/rss/networkmembers/joshua http://feeds.delicious.com/v2/json/networkmembers/joshua
Processingをインストールして、遊んでみました。 ダウンロード(DL)します。 http://processing.org/ の "Processing is free to download" をクリックして、自分のOSのものをDLします。ここではMacで行きます。 インストールします DLしたprocessing**.dmg …
久々に見た。JavaVMのスタックサイズは、デフォルトで512KBなのか。ちっさいな。 http://www.nextindex.net/java/perform/storage.html * -Xms[n]...ヒープの初期サイズ。[n]は1024-1MB。単位は、バイトを表す無指定か、k,K,m,Mのいずれか。デフォルトは2MB…
主に計算機科学の機械学習・データマイニング系の説明で、バイオの雑誌に載った解説記事です。ツールを使いこなす人が、中身を知りたかったり、作る人に変身したい場合や、情報科学(機械学習、データマイニング系）の人が、ゲノム解析などでどうやって利用さ…
参加中。もうすぐ終了。以下、今年だけの傾向かもしれないので、話半分程度のメモ。 バイオインフォマティクスというより、もっと工学分野も含めた感じ 配列、発現量等のゲノム系の話題から、MEGなど脳科学系の話題まで広く浅い もともと、医療工学系が母体…
OpenGLといえば、ギアの動くデモでしょ。ってことでギアを動かします。 https://jogl.dev.java.net/ の一番下から、次の2つをDL。 jogl-1.1.2-pre-20080523-macosx-universal.zip jogl-demos.jar jogl-1.1.2-pre-20080523-macosx-universal.zip を展開。 以…
完全独習 統計学入門posted with amazlet at 08.08.17小島 寛之 ダイヤモンド社 売り上げランキング: 699Amazon.co.jp で詳細を見る感動しました。統計書を読み始めて、確率やら大数の法則やら測度論で挫折した人、多いと思います。授業でも途中でドロップア…
twitterのpublic_timelineを取得しようかとおもったのですが、 20件しか表示してくれない 1分に1度しか更新してくれない 一晩まわしてたら、アクセス制限されたぽ！ 以下、60秒毎にpublic_timelineを取得するために、作成したプログラムなど。public_htmllin…
rails2.1を入れて、動かそうと思ったわけですが、 no such file to load -- sqlite3 /database (MissingSourceFile) の様に言われてしまって、はまりました。 原因は、sqlite3-ruby のバージョンが1.2.2な事のようでした。see. http://www.ruby-forum.com/to…
タブ区切りや":"で区切られた文字列を簡単にHashに入れて、使いやすくしましょう。 たとえば user.txt として、 Name:Jun Sese Date:2008-07-30 Status:Aliveとあったとすると, % irb irb> data = open("user.txt").read => "Name:Jun Sese\nDate:2008-07-30…
生きてます。
(6/28追記)：以下の方法、10.5.3に上がった頃から使えなくなったっぽいです。代替の方法ご存じの方、お教えください。MacBook Airに負荷をかけると、片方のコアが止まり、シングルコアに落ちることがあります。 そんなときは Processor.prefPaneを起動します…
CMUの金出先生の本。研究者のためのビジネス書、啓蒙書、と言うべきか。ライフハックならぬリサーチハックと言うべきか。素人のように考え、玄人として実行する―問題解決のメタ技術 (PHP文庫)posted with amazlet at 08.05.22金出 武雄 PHP研究所 売り上げラ…
Incase Neoprene MacBook Airスリーブ を買ってみました。ファスナーが無くて、出し入れが迅速かつ楽になるかと思ったのですが、失敗でした。 良い点 ケースはMacBook Air用にジャストサイズ。外装、内装ともに質感がいい。 悪い点 きつきつ過ぎて、入れるの…
始めに、感想を。めんどくさい！誰か、よいライブラリを知っている方、教えてください！ メモ書き程度のドキュメントです。生のXMLをパースして読み出してます。 参考にしたのは、Goole Code FAQ - Using Ruby with the Google Data APIsです。 心構え Googl…
感想文を書いても今更感が強いですが、今の時代に即している本２冊、読みました。 どちらも、平易で速攻読めます。頭の片隅に入れておいて、気になったら、またチェックするという使い方のできる本。 効率が10倍アップする新・知的生産術―自分をグーグル化す…
バイオ周りの話題は、一切書いてない。わはは。
帰り際ちゃぶ屋＠護国寺の第三部（木、金、土の22:00-24:00）に寄ってみた。 メニュー。醤油味のみ。目を引いたのが「ちゃぶ屋オリジナルビール」。んなわけで、支那竹そばと、ホワイトエールビールを頼む（もう一種類は、スタウト）。 ホワイトエールビール…
(2009/04/02改訂, 2010/02/21改訂） インターネットの情報収集は、できるだけ楽して、毎日自分専用の新聞の様なものを作るかだと思います。というわけで、私のやっていることを学生に公開した文章を転載。 - この文章は、現代の情報化社会で、インターネット…
